Incluso hoy en día, no hay conclusiones sobre la causa del síndrome. Sin embargo, se sabe que el síndrome tiene una tendencia genética. Es importante señalar que no se ha descubierto un gen específico responsable del brote del síndrome, sin embargo, sí que existe una tendencia genética que se activa cuando se dan condiciones ambientales adecuadas.
Los estudios han demostrado que existe una interacción entre los factores físicos, neurológicos y psicológicos y las probabilidades de un brote del síndrome. El dolor que se experimenta a menudo se ve afectado por los sentimientos y los estados de ánimo. La depresión o la ansiedad pueden hacer que el dolor parezca mucho peor y, por otro lado, cuando se experimenta dolor, puede dar lugar a una sensación de estar presionado o estresado.
Por lo general, las personas sienten dolor cuando una parte del cuerpo se ve afectada (como la artritis) o tras experimentar una lesión física. Las personas con fibromialgia sienten el dolor de manera diferente puesto que no es causado por un daño o lesión en el tejido que causa el dolor.
En cambio, se genera un problema que confunde la forma en que el cerebro y el sistema nervioso transfieren la sensación de dolor. Esto no significa que el dolor sea menos real, pero como no existe ningún daño físico que se pueda observar, no hay una forma fácil de detener el mismo.